São João do Sabugi är en kommun i Brasilien. Den ligger i delstaten Rio Grande do Norte, i den östra delen av landet, 1,500 km nordost om huvudstaden Brasília. Antalet invånare är 5,914.
Omgivningarna runt São João do Sabugi är huvudsakligen savann. Runt São João do Sabugi är det glesbefolkat, med 14 invånare per kvadratkilometer. Savannklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 28 °C. Den varmaste månaden är oktober, då medeltemperaturen är 34 °C, och den kallaste är juni, med 23 °C. Genomsnittlig årsnederbörd är 690 millimeter. Den regnigaste månaden är april, med i genomsnitt 174 mm nederbörd, och den torraste är september, med 11 mm nederbörd.
